组建校内科技创新平台，形成专业团队的高端科研机制。面向国家重大战略需求和战略高技术研究，集成校内优势学科，组建校内综合创新平台，把不同领域的科学知识、不同学科背景的人才智慧以及不同组织的资源有机地整合起来，优势互补，综合交叉，打破空间和层次的界限，开放式解决复杂的科技问题，为国家经济建设和社会发展做出重大科技创新贡献。统合信息科学与工程、电子科学与工程学院、计算机科学与工程等学科的优势科研力量，筹建南京通信技术国家实验室和通信技术国家工程研究中心，汇集了国内无线通信研究的高端人才、研发中心和相关企业，为提升我国无线通讯技术的加速发展和打造具有国际竞争力的现代通信产业起到强大助推作用。

　　共建校外产业战略联盟，促进区域产业的集群发展模式。根据江苏区域经济发展的行业特色和产业布局，因地制宜结合区域产业结构，组建电子信息、光机电一体化、新材料、生物医药等四大高新技术的产业联盟，组建产学研战略联盟，在目标定位上着眼于产业的集成创新，注重引导产业特色基地，致力于做大产品群，拉长产业链，大大增强科技创新与经济增长的结合度，有力地促进了区域特色产业的快速形成和高新技术产业的迅猛发展。2011年，学校将生物医学纳米材料新技术成功在泰州医药城转化，使泰州生物医药技术比肩世界水平。2012年，学校与华为技术有限公司协同攻关、潜心开发的新一代移动通信技术荣获国家技术发明一等奖，使移动通信技术成为我国少数具有国际竞争力的高科技产业。

　　借力地方政府主导作用，共建特色的区域科研创新机构。学校根据江苏区域经济发展水平和企业技术创新能力，与政府共建专门性的科研创新机构，为政府的科技创新决策提供咨询，给企业技术升级和产品孵化提供支持。学校与苏州市政府共建东南大学苏州研究院，一方面根据国际信息产业发展局势，为苏州市软件信息产业发展提供决策咨询，另一方面与苏州市重点企业共建苏州市重点实验室，截止2014年6月，苏州研究院研究和孵化科技成果转化资本金超过6亿余元。同时，学校与地方政府合作共建大学科技园，以此推动“863计划”项目等重大科技成果的转化和产业化，培养了一批拥有核心技术，具有自主创新能力、规范运营的高科技企业。2014年5月，在科技园孵化的途牛旅游网登录纳斯达克上市，途牛旅游网是学校网络通讯学科的优势和南京市旅游产业扶持政策协同发力的成果。